长崎综合科学大学为培养高技能工程师，以支援学生学业为目的，针对研究生院博士课程学生实施学费及其他费用等全额免除。对于硕士课程学生也实施80%学杂费减免。该措施在长崎县拥有校园的大学尚属首次， 在日本全国也属罕见。

据长崎综合科学大学介绍，研究生院博士课程招收 3 名学生。在此之前，入学时需要缴纳 12 万日元入学金和每年40 万日元的学费、以及每年 16 万日元实验费，三年费用总计180万日元。目前，该费用全额免费。

硕士课程部分招收30 名学生。此前两年间的总费用为 184 万日元（包括入学金 12 万日元、每年学费 50 万日元、以及每年实验费 16 万日元和教育充实费每年 20 万日元），今后只需要缴纳教育充实费2年合计40万日元即可。其中支助金额的一半将由政府补贴提供。

除 2023 年 10 月入学的新生外，在校生也可从 4 月起享受补助。 对生源地不附加任何条件，例如是否来自长崎县内。 免税条件是：如果家庭的主要供养人是工薪人员，上一年支付的预扣税额低于 841 万日元。 如果是非工薪雇员，纳税申报表上的收入额必须少于 355 万日元。 长崎综合科学大学预计大多数学生都将符合条件。

长崎综合科学大学是长崎县唯一一所私立理工科大学。 许多本科生希望升入研究生院，但许多人因经济原因而放弃，因此该大学大胆制定了一项支持计划，以培养高技能工程师。 考虑到理工科女性人才的短缺，该校还制定了一项政策，即从 2025 年的入学考试开始，在本科生中设立女生配额。