据京都大学介绍，工业化学系是该校历史最悠久的专业之一，于 1898 年（即该校成立的第二年）作为理工学院的一个系成立。其后于1993 年进行了学科学习整合重组，该系以新的内容重生，成为工业化学系。
目前，该系招收名额为235 名学生。学生在入学后一年半时间里，通过共同科目学习基础数学、物理和化学，从二年级开始接受物理化学、有机化学、无机化学、分析化学和化学工艺工程等，能够接受从基础到高水平系统教育。
二年级下学期起，学生按照 2:3:1 的比例被分到新兴化学（创成化学课程）、尖端化学课程以及化学工艺工程等不同专业中，开始接受与未来专业相关教育。新兴化学（创成化学课程）侧重于创造具有新功能材料的化学，尖端化学课程侧重于了解分子水平的反应和物理性质以及新化合物的合成等，而化学工艺工程课程则专门研究从分子水平到全球环境的所有系统中能量和物质的转换和转移。